È possibile riscontrare displasia renale con reni piccoli (comune nella sindrome di Alagille di tipo 2) e ipotiroidismo.
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Tra le complicazioni, vi sono dolore, problemi respiratori, rigidezza, possibile spondilolistesi e facilità a traumi della colonna vertebrale, discopatie ed ernia discale,
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Le anomalie oftalmiche includono embriotoxon posteriore (75% dei casi), anomalia di Axenfeld (si veda questo termine), retinite pigmentosa, anomalie pupillari e del disco ottico
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